蛋白质分离器是每个海水缸必须要有的配备。千万不要使用过小的机种，因为蛋白质分离器一定不会过度的过滤缸中的水。市面上大部份的机种可适用于10至20加仑（38-76公升）的缸子。蛋白质分离器的大小，必须随着水族缸尺寸增加而增加，可惜的是，目前我们并没有很好的公式来求出不同尺寸缸子所需要的蛋白质分离器大小。因为产生有机废物的生物种类与数量多寡是最大的变数﹔一般说来，高度小于１２０公分，且直径小于１０公分的蛋白质分离器只适用于小于７６公升的水族缸。而且，所有的蛋白质分离器应要产生许多奶白色的泡沫﹔若非如此，就表示此蛋白质分离器的运转不正常。市面上的机型一般可分为两种：一为逆流式蛋白质分离器，另一是涡轮式蛋白质分离器。此两种的效果都不错，但都需要花一段时间来调整，才能达到其最佳状况。至于如何调整，请见本文〝使用蛋白质分离器应注意的地方〞部分。此种机型需要外加打气机、打气石、与打水帮浦，其所需的花费与分离器所需的型式与厂牌有关。打水帮浦将水送入分离器内加以过滤。有些人利用地心引力把缸中流出的水导入过滤机中；或将水流系统中一部份的回流导入分离器，也有人利用沉水马达来代替打水帮浦。要使蛋白质分离器中的过滤水柱呈现奶白色，需要高效率的打气机及良好的打气石。此种过滤系统最好是使用打气木，因为打气木所产生的气泡较为细密，但需要常换，较便宜的打气木比品质较好的打气木所需的更换的次数较高。打气木的更换率与缸子的水质及分离器有关，一般来说，每3至4个月需更换一次。逆流式的蛋白质分离器的滤水量最好是每小时可过滤缸中的水的总量一次，其过滤效果最佳。如要提高过滤速率就需要换较大的分离器和打气机。这是利用柏努利原理（液体在水平运动时压力随速度增加而减低）来推动涡轮以产生气泡的蛋白质过滤系统，此系统可省去打气石和打气机等设备，但需要一个效率好的高压打水帮浦，并在水中通入大量的空气。市面上卖的过滤系统不一定有包括打水帮浦，既使有包括打水帮浦，其帮浦也不一定够大到可有效的运转分离器。虽然有些系统有有效运作的帮浦，但大部分市售系统的设计并没有很好。请记住，涡轮的气筏孔需要定时清理。清理的步骤很简单，只要隔几天就把开口刮一刮就可以了，如果当开口被矿物或杂质沉淀堵住时则需要泡稀盐酸来清除。
