根据污水处理的原理，可以分为化学消毒污水处理系统、热力消毒污水处理系统及混合型污水处理系统。实验室应在风险评估的基础上选择适当类型的污水处理系统，并对污水处理系统的处理效果进行风险再评估。
实验室污水处理系统最好选择经过效果验证的商品化设备，否则实验室应对污水处理系统的消毒效果进行验证。实验室污水处理系统与实验室污水源要实现可靠连接，要尽可能减少连接系统内残留的污水量，并有效控制污水收集系统对实验室的可能影响。实验室污水处理系统在消毒处理时，不得影响实验室的正常功能. 经污水处理系统处理完毕的污水，应符合《病原微生物实验室污染物排放标准》中规定的污水排放限值，并按要求定期进行监测。
实验室对污水处理系统的运行状况和运行效果，应每年进行评估，并适当进行验证。实验室应有污水处理系统运行的标准操作规程。实验室安全主管应制定检测、验证计划，保存污水处理系统评估、运行、监测、验证的完整记录。污水处理系统应张贴检查合格证明的标示，至少包括系统编号、状态、检查验证时间、下次检查验证时间、设备负责人。对不合格的设备应立即停止使用。对于商品化的污水处理系统，实验室不得擅自进行改装；改装后的系统要进行验证。